Der „obere Schönenberg”, das sogenannte „Bodmer-Haus”, wurde 1664 durch den Zunftmeister Heidegger erbaut. Von 1739 bis 1783 bewohnte es der Dichter und Literaturkritiker Johann Jakob Bodmer, durch dessen Persönlichkeit es zu einem Mittelpunkt des literarischen Lebens in Zürich und der Schweiz wurde. Bodmer, Übersetzer Miltons und Homers, hat selbst mehrere biblische Epen gedichtet - darunter einen „Joseph”. Er entdeckte die Nibelungen neu und erkannte als erster die Bedeutung des in Zürich entstandenen Codex Manesse, einer mittelalterlichen Liederhandschrift.
Im Sommer 1750 war Klopstock für einige Wochen zu Gast. Zwei Jahre später nahm Bodmer den jungen Christoph Martin Wieland bei sich auf. Auch Ewald von Kleist sprach 1752 bei ihm vor. Im Juni 1775 besuchte Goethe mit den beiden Grafen Christian und Friedrich Stolberg den greisen Dichter. Man bemühte sich, höflich zu sein, nahe kam man sich nicht. Für Bodmer war Goethe ein „Kraftnarr”, der aus dem Doktor Faustus eine „Farce” machen werde; Goethe anerkannte Bodmers Übersetzungsleistungen, schätzte ihn aber kaum als Autor.
Über das Zusammentreffen mit dem 51 Jahre älteren Bodmer hat Goethe im 18. Buch seiner Autobiographie Dichtung und Wahrheit berichtet:
„Der alte Bodmer ward hierbei vorzüglich beachtet, und wir mussten uns auf den Weg machen ihn zu besuchen und jugendlich zu verehren. Er wohnte in einer Höhe über der am rechten Ufer, wo der See seine Wasser als Limmat zusammendrängt, gelegenen größern oder alten Stadt; diese durchkreuzten wir, und erstiegen zuletzt, auf immer steileren Pfaden, die Höhe hinter den Wällen, wo sich zwischen den Festungswerken und der alten Stadtmauer gar anmutig eine Vorstadt, teils in aneinander geschlossenen, teils einzelnen Häusern, halb ländlich gebildet hatte. Hier nun stand Bodmers Haus, der Aufenthalt seines ganzen Lebens, in der freisten, heitersten Umgebung, die wir, bei der Schönheit und Klarheit des Tages, schon vor dem Eintritt höchst vergnüglich zu überschauen hatten.”
1779 kam der Dichter noch einmal, diesmal zusammen mit Herzog Karl August.
Im 19. Jahrhundert war das Bodmerhaus während einiger Jahrzehnte Wohnsitz des Historienmalers Ludwig Vogel, Förderer des jungen Gottfried Keller.
Eine ausführliche Darstellung des Museums findet sich in Band 35 der 'Thomas-Mann-Studien': 'Im Geiste der Genauigkeit. 50 Jahre Thomas-Mann-Archiv' (2006), erschienen bei Klostermann.